一次简短会晤
时间:2008.3.14,下午5:00
地点:蓝旗营上岛咖啡
人物:Jake, Xudong, 闲云行天
内容:
1、关于生物网络方面的研究
闲云行天主要研究基因调控网络中的模块化问题,从改进Mark Newman的网络聚类Q指标入手,用多Agent的方法自动寻优找到更好的模块结构。Jake研究的是生态系统中的食物网络,主要关注能量流方面的研究,也考察了一些演化出的食物网的结构特征,但是闲云行天建议用普通的复杂网络特征来研究食物网的结构。
2、关于计算机多Agent仿真
闲云行天建议继承并扩展一个现有的仿真平台Generation 5(http://www.generation5.org/),并认为从俱乐部的长期发展角度来讲,应该有一定的积累,其中就包括一个仿真平台,使得新进的人能够很快上手,并逐渐积累、发展下去。Jake同意闲云行天的想法,但也指出了一些G5平台的不足,例如他不目前支持网络接口部分(可以用jungtgraph弥补),不支持3D图形环境(这样使得我们无法做一些物理方面的扩展)等等。不过总体来看,G5平台是一个很好的切入点。
3、关于科学研究工具
闲云行天提供了一些科研工具方面的信息,例如Enthought提供的基于Python的科学计算软件包(http://code.enthought.com/)。Python是一种解释性的语言,它的特点是小巧、快速、简洁,比较适合探索性的研究工作;另外,networkx(https://networkx.lanl.gov/wiki)是一种在Python下开发的网络、图形工具。而JUNG则是一种基于Java的网络画图、分析工具(http://jung.sourceforge.net/)。Jake则推荐Mathematica6,而且Mathmatica6版本中的Manipulate功能非常强大,可以非常方便地创造出可交互的小界面出来。另外,Math也可以很方便地画各种网络图。
4、关于复杂系统与人工智能
闲云行天关心的一个问题是Pattern的代码化,即当一些复杂的Pattern从简单的规则之下涌现而出的时候,用一种什么样的机制来把这些Pattern凝固成一些类似代码一样的东西?Jake解释说,这个问题在集智俱乐部中的公式叫做“二级涌现”问题,即涌现发生在两个层次之上,而这也恰恰是一个我们都普遍关注的问题。
5、关于集智俱乐部
闲云行天建议为了俱乐部的长期发展,有必要凝固一些规范化的东西、形成一定的制度,这样让俱乐部可以真正的“活”起来。
三月 16th, 2008 at 10:57 下午
谢谢推荐。不知以上几种工具对系统的需求怎样?
另外,统计方面用R的还不少。
三月 17th, 2008 at 12:05 上午
恩,统计上很多人也在用R,在生物这块,尤其是芯片数据这块用bioconductor是比较多的,可以看看。但R是另外一套体系来操作了,我觉得手头一定要熟练一套,其他可以熟悉。而且Python也可以集成进R了(http://rpy.sourceforge.net/)。
三月 29th, 2008 at 3:37 下午
恩,我在用python加上networkx,确实挺好用的。